Instruksi Presiden Nomor 25 Tahun 1998 ini dikeluarkan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas pelaksanaan tugas pemerintahan dan pembangunan oleh Lembaga Pemerintah Non-Departemen. Instruksi ini mengarahkan lembaga-lembaga tersebut untuk melaksanakan tugas dan fungsi mereka sesuai dengan petunjuk dan pedoman yang ditetapkan oleh Menteri terkait. Lembaga-lembaga yang diinstruksikan meliputi Lembaga Sandi Negara, Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional, Lembaga Penerbangan dan Antariksa Nasional, Badan Tenaga Atom Nasional, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Badan Pengawas Tenaga Nuklir, Badan Urusan Logistik, Badan Standardisasi Nasional, dan Perpustakaan Nasional. Setiap lembaga diwajibkan untuk melaporkan pelaksanaan tugas dan hasilnya kepada Menteri yang bersangkutan.