Peraturan Menteri Agama ini menetapkan organisasi dan tata kerja Satuan Pendidikan Keagamaan Kristen Negeri. Latar belakangnya adalah untuk mewujudkan organisasi yang efektif dan efisien dalam meningkatkan kinerja pelaksanaan tugas penyelenggaraan dan pelayanan satuan pendidikan keagamaan Kristen negeri. Persetujuan dari Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi telah diperoleh.
Ketentuan substansial meliputi:
1. Satuan pendidikan keagamaan Kristen negeri merupakan unit pelaksana teknis di lingkungan Direktorat Pendidikan Kristen pada Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen, bertanggung jawab kepada Direktur Pendidikan Kristen, dan dipimpin oleh Kepala Sekolah.
2. Satuan pendidikan terdiri atas SMPTKN, SMTKN, dan SMAKN, masing-masing memiliki tugas dan fungsi yang spesifik terkait penyelenggaraan pendidikan yang memadukan ilmu teologi/keagamaan Kristen dan ilmu umum.
3. Organisasi satuan pendidikan terdiri atas Kepala Sekolah, Wakil Kepala Sekolah, urusan tata usaha, kelompok jabatan fungsional dan jabatan pelaksana, serta unit penunjang (keagamaan, perpustakaan, laboratorium).
4. Nomenklatur dan lokasi satuan pendidikan keagamaan Kristen negeri tercantum dalam Lampiran II Peraturan Menteri ini.
5. Kepala Sekolah harus menerapkan sistem akuntabilitas kinerja instansi pemerintah, menyusun proses bisnis, menyampaikan laporan berkala, menyusun analisis jabatan, dan menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi.