1. Semua kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban dari Institut Agama Islam Negeri Kudus dialihkan menjadi kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban Universitas Islam Negeri Sunan Kudus.
2. Semua mahasiswa dari Institut Agama Islam Negeri Kudus dialihkan menjadi mahasiswa Universitas Islam Negeri Sunan Kudus.
3. Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, aset, dan arsip terkait dengan proses pengalihan menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.
4. Semua peraturan perundang-undangan yang merupakan peraturan pelaksanaan dari Peraturan Presiden Nomor 27 Tahun 2018 tentang Institut Agama Islam Negeri Kudus dinyatakan masih tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan ketentuan dalam Peraturan Presiden ini.