Peraturan Komisi ini mengatur tentang tata cara penanganan perkara pelaksanaan kemitraan berdasarkan laporan dan inisiatif. Penanganan perkara berdasarkan laporan meliputi tahap klarifikasi, penyelidikan, pemberkasan, dan sidang majelis komisi. Penanganan perkara berdasarkan inisiatif meliputi kegiatan inisiatif, penyelidikan, pemberkasan, dan sidang majelis komisi.
Peraturan ini juga mengatur tugas dan wewenang Rapat Komisi, Ketua Komisi, Majelis Komisi, dan Tim Monitoring Pelaksanaan Peringatan Tertulis. Rapat Komisi bertugas mengambil keputusan terkait penetapan tahapan penanganan perkara, sedangkan Ketua Komisi bertugas melaksanakan keputusan Rapat Komisi dan berwenang menerbitkan surat keputusan terkait penanganan perkara. Majelis Komisi bertugas melakukan pemeriksaan pendahuluan dan lanjutan, serta melakukan musyawarah untuk menilai dan memutuskan perkara. Tim Monitoring bertugas melakukan pemantauan pelaksanaan peringatan tertulis oleh Terlapor.
Selain itu, diatur pula hak dan kewajiban Terlapor, Saksi, Ahli, dan Penerjemah Tersumpah dalam proses penanganan perkara. Terlapor berhak memperoleh pemberitahuan jadwal sidang dan mendapatkan laporan dugaan pelanggaran, sementara Saksi dan Ahli wajib menghadiri panggilan dan memberikan keterangan yang benar. Investigator Penyelidik bertugas melakukan penyelidikan dan menyusun laporan hasil penyelidikan, sedangkan Investigator Penuntut bertugas menjelaskan laporan dugaan pelanggaran dalam sidang majelis komisi. Panitera bertugas membantu Majelis Komisi dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya dalam sidang majelis komisi.
Alat bukti yang digunakan dalam penanganan perkara meliputi keterangan Saksi, keterangan Ahli, surat dan/atau dokumen, petunjuk, dan/atau keterangan Terlapor. Peraturan ini juga mengatur mengenai investigasi, laporan dan klarifikasi, kegiatan inisiatif, penyelidikan, pemberkasan, dan sidang majelis komisi.