Peraturan Daerah Kabupaten Pekalongan Nomor 5 Tahun 2020 mengubah Peraturan Daerah Kabupaten Pekalongan Nomor 4 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Pekalongan. Latar belakang perubahan ini adalah untuk menyesuaikan dengan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 99 Tahun 2018 tentang Pembinaan dan Pengendalian Penataan Perangkat Daerah, serta pelaksanaan ketentuan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 11 Tahun 2019 tentang Perangkat Daerah Yang melaksanakan Urusan Pemerintahan Di Bidang Kesatuan Bangsa dan Politik.
Perubahan meliputi susunan Perangkat Daerah, dengan perubahan tipe Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, dan Inspektorat Daerah dari Tipe B menjadi Tipe A. Selain itu, dilakukan pemecahan dan penggabungan beberapa Dinas, seperti Dinas Pemberdayaan Masyarakat Dan Desa, Pemberdayaan Perempuan Dan Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk Dan Keluarga Berencana yang dipecah menjadi dua Dinas. Dinas Perindustrian, Perdagangan dan Koperasi, Usaha Kecil Dan Menengah juga dipecah menjadi dua Dinas. Dinas Penanaman Modal Dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu dan Tenaga Kerja mengalami perubahan dengan pengalihan urusan tenaga kerja dan transmigrasi ke Dinas Koperasi, Usaha Kecil Dan Menengah dan Tenaga Kerja. Rumah Sakit Daerah yang semula merupakan Lembaga Teknis Daerah menjadi unit organisasi bersifat khusus yang berada di bawah Perangkat Daerah yang melaksanakan urusan pemerintahan di bidang kesehatan.
Peraturan ini juga mengatur mengenai Rumah Sakit Daerah yang memiliki otonomi dalam pengelolaan keuangan dan barang milik Daerah serta bidang kepegawaian, serta menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum Daerah.