Peraturan Daerah Kabupaten Kupang ini dibentuk dengan tujuan untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2019. Pembentukan Perangkat Daerah didasarkan pada asas efisiensi, efektivitas, pembagian habis tugas, rentang kendali, tata kerja yang jelas, fleksibilitas, urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah, intensitas urusan pemerintahan dan potensi daerah.
Peraturan ini membentuk Perangkat Daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah tipe A, Sekretariat DPRD tipe B, Inspektorat Daerah tipe A, Dinas Daerah (dengan berbagai tipe berdasarkan urusan pemerintahan yang diselenggarakan), dan Badan Daerah (dengan berbagai tipe berdasarkan fungsi penunjang urusan pemerintahan). Selain itu, ditetapkan juga Kecamatan sebagai perangkat daerah dengan tipe A untuk seluruh kecamatan yang ada di Kabupaten Kupang.
Peraturan ini juga mengatur bahwa pada Dinas Daerah dan Badan Daerah dapat dibentuk Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) untuk melaksanakan kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang tertentu. Selain itu, pada Urusan Pemerintahan bidang pendidikan terdapat UPTD berupa satuan pendidikan Daerah, dan pada Urusan Pemerintahan bidang kesehatan terdapat UPTD berupa rumah sakit umum daerah dan pusat kesehatan masyarakat.
Bupati dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh 3 (tiga) Staf Ahli yang bertugas memberikan rekomendasi terhadap isu-isu strategis kepada Bupati sesuai keahliannya.