Keputusan Presiden Nomor 63 Tahun 1982 menetapkan susunan organisasi Universitas Mataram sebagai bagian dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Universitas ini dipimpin oleh seorang Rektor yang bertanggung jawab langsung kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Pembinaan fungsional dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Tugas utama Universitas Mataram adalah menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan peraturan yang berlaku. Struktur organisasi universitas meliputi Rektor, Pembantu Rektor, beberapa biro administrasi, berbagai fakultas, pusat penelitian, pusat pengabdian masyarakat, dan perpustakaan. Perincian tugas dan fungsi organisasi ditetapkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab atas penertiban dan penyempurnaan aparatur negara.