Peraturan Menteri Agama Nomor 51 Tahun 2015 menetapkan Statuta Institut Agama Islam Negeri Pontianak sebagai landasan pengelolaan perguruan tinggi. Tujuan utama dari kebijakan ini adalah untuk mengatur penyelenggaraan pendidikan tinggi yang unggul dalam kajian keilmuan, keislaman, dan kebudayaan Borneo. Kebijakan ini mencakup pembagian kewenangan antara Rektor, Senat, dan organ lainnya dalam Institut. Rektor bertanggung jawab kepada Menteri Agama dan memiliki wewenang untuk mengelola pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Institut juga menjamin kebebasan akademik dan otonomi keilmuan bagi sivitas akademika. Selain itu, kebijakan ini mengatur sistem penerimaan mahasiswa, sistem perkuliahan, dan penjaminan mutu pendidikan. Institut berasaskan Pancasila dan berdasarkan Islam, dengan visi menjadi institusi yang unggul dan terbuka dalam kajian dan riset keilmuan, keislaman, serta kebudayaan Borneo.