Keputusan Menteri ini menetapkan Rencana Pengelolaan dan Zonasi Suaka Alam Perairan Kepulauan Aru Bagian Tenggara dan Laut Sekitarnya di Provinsi Maluku Tahun 2014-2034. Rencana ini bertujuan sebagai panduan operasional pengelolaan kawasan suaka alam perairan tersebut. Rencana pengelolaan dan zonasi ini dapat ditinjau sekurang-kurangnya sekali dalam 5 tahun. Kawasan ini dibagi menjadi beberapa zona, yaitu zona inti, zona pemanfaatan, zona perikanan berkelanjutan, dan zona rehabilitasi. Zona inti ditujukan untuk melindungi habitat penyu dan populasi ikan, serta untuk penelitian dan pendidikan. Zona pemanfaatan diperuntukkan bagi pariwisata dan rekreasi, perlindungan habitat dan populasi ikan, penelitian dan pengembangan, serta pendidikan. Zona perikanan berkelanjutan diperuntukkan bagi perlindungan habitat dan populasi ikan, penangkapan ikan ramah lingkungan, budidaya ramah lingkungan, pariwisata dan rekreasi, penelitian dan pengembangan, serta pendidikan. Zona rehabilitasi diperuntukkan untuk mengembalikan ekosistem kawasan yang rusak.