Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 1953 ini bertujuan untuk menyempurnakan organisasi Kementerian Pertahanan dalam rangka pemulihan keamanan negara. Peraturan ini menyimpang dari ketentuan umum yang diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 20 Tahun 1952, dengan menetapkan susunan dan pimpinan Kementerian Pertahanan melalui Peraturan Pemerintah. Kementerian Pertahanan terdiri dari Pusat Kementerian dan Angkatan Perang Republik Indonesia, yang meliputi Angkatan Darat, Laut, dan Udara. Pusat Kementerian mengurus pekerjaan tata usaha dan teknis, sementara Angkatan Perang bertugas sebagai pelopor pertahanan negara. Menteri Pertahanan memiliki kewenangan untuk menentukan politik kementerian dan dibantu oleh Sekretaris Jenderal dalam menjalankan pimpinan harian. Kepala-kepala Staf Angkatan wajib melaporkan kepada Sekretaris Jenderal, kecuali ditentukan lain oleh Menteri Pertahanan.