Peraturan Menteri Agama ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Palangka Raya. Perubahan tersebut meliputi perubahan pada Pasal 5 mengenai organ pengelola Sekolah Tinggi yang terdiri atas Ketua dan Wakil Ketua, Program Studi, Pascasarjana, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan, Pusat, dan Unit Pelaksana Teknis. Judul Bagian Ketiga BAB II juga diubah menjadi Program Studi. Pasal 8 diubah yang menyatakan bahwa Program Studi merupakan satuan pelaksana akademik pada Sekolah Tinggi dan dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi. Pasal 9 mengatur fungsi Program Studi yang meliputi pelaksanaan pendidikan akademik, vokasi, dan/atau profesi, penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, pengabdian kepada masyarakat, pembinaan sivitas akademika, serta pelaksanaan administrasi dan pelaporan. Pasal 10 menyebutkan bahwa Program Studi terdiri atas Pendidikan Agama Kristen dan Teologi. Pasal 11 mengatur organisasi Program Studi yang terdiri atas Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, laboratorium/studio, dan Dosen. Pasal 12 dan 13 mengatur tugas Ketua dan Sekretaris Program Studi. Pasal 43 diubah yang menyatakan bahwa Ketua, Wakil Ketua, Direktur, Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, Kepala Pusat, Sekretaris Pusat, dan Kepala Unit Pelaksana Teknis merupakan jabatan noneselon.