Peraturan Daerah Kabupaten Wonogiri Nomor 3 Tahun 2013 ini mengatur hubungan antara lembaga desa dengan pemerintahan desa. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk mewujudkan tata pemerintahan desa yang baik melalui hubungan sinergis antara lembaga-lembaga desa dan pemerintahan desa, serta untuk memfasilitasi lembaga-lembaga desa sebagai wahana partisipasi masyarakat. Tujuan dari peraturan ini adalah memberikan kejelasan hubungan antara lembaga-lembaga desa dengan pemerintahan desa dalam penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan, serta meningkatkan partisipasi masyarakat dan komitmen pemerintahan desa dalam penyelenggaraan pemerintahan yang transparan dan akuntabel.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup prinsip-prinsip hubungan antara lembaga desa dan pemerintahan desa, seperti partisipasi, transparansi, non-diskriminasi, kebersamaan, kesetaraan, keseimbangan hak dan kewajiban, kemandirian, penghormatan, dan kepatuhan terhadap hukum. Ruang lingkup hubungan meliputi penyusunan Raperdes, RPJMDesa dan RKPDesa, RAPBDesa, penyampaian LKPJ Kepala Desa, serta pelaksanaan pemerintahan, pembangunan, dan pemberdayaan masyarakat. Lembaga desa terdiri dari lembaga kemasyarakatan (LPM, RW/RT, TP PKK, Karang Taruna, dll.) dan lembaga ekonomi desa (BUM Desa, dll.). Peraturan ini juga mengatur mekanisme pemberian masukan dari masyarakat melalui lembaga-lembaga desa dalam penyusunan Raperdes dan RAPBDesa, serta partisipasi lembaga desa dalam Musrenbangdes untuk penyusunan RPJM Desa dan RKP Desa. Selain itu, diatur pula mengenai undangan kepada pimpinan lembaga desa dalam rapat pleno/paripurna penyampaian LKPJ Kepala Desa dan rapat koordinasi/musyawarah untuk monitoring dan evaluasi penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan.