Peraturan Menteri Agama Nomor 49 Tahun 2013 ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi di Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Jember. Peraturan ini mengatur organisasi dan tata kerja Sekolah Tinggi, yang berada di bawah Kementerian Agama dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama. Sekolah Tinggi ini melaksanakan pendidikan tinggi dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam, termasuk program akademik, vokasi, dan profesi, serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Organisasi Sekolah Tinggi terdiri dari organ pengelola dan organ pertimbangan, dengan struktur yang mencakup Ketua, Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, Bagian Administrasi, Pusat, dan Unit Pelaksana Teknis. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik untuk mendukung operasional dan pengembangan akademik serta administrasi di lingkungan Sekolah Tinggi.