Peraturan Menteri Keuangan ini bertujuan untuk membentuk Sekretariat Komite Nasional Ekonomi dan Keuangan Syariah (KNEKS) guna mempercepat, memperluas, dan memajukan pengembangan ekonomi dan keuangan syariah di Indonesia. Sekretariat KNEKS berfungsi memberikan dukungan administrasi kepada Manajemen Eksekutif KNEKS, Pimpinan, dan Anggota KNEKS. Tugas utama Sekretariat meliputi pengoordinasian, fasilitasi, dan pengelolaan perencanaan, keuangan, organisasi, sumber daya manusia, teknologi informasi, kinerja, kepatuhan internal, risiko, dan kerumahtanggaan. Struktur organisasi Sekretariat terdiri dari Direktorat Keuangan dan Umum serta Direktorat Pemantauan Program dan Kinerja, yang masing-masing memiliki divisi-divisi dengan tugas spesifik.