Peraturan Menteri Agama ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Institut Agama Kristen Negeri Toraja (IAKN Toraja). IAKN Toraja adalah perguruan tinggi keagamaan yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama, serta secara fungsional dibina oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen. Tugas utama IAKN Toraja adalah menyelenggarakan pendidikan akademik dan vokasi dalam rumpun ilmu agama dan ilmu pengetahuan/teknologi tertentu, serta pendidikan profesi jika memenuhi syarat.
Organisasi IAKN Toraja terdiri dari organ pengelola (Rektor, Wakil Rektor, Fakultas, Pascasarjana, Biro Administrasi, Lembaga, Unit Pelaksana Teknis), organ pertimbangan (Senat, Dewan Penyantun), dan organ pengawasan (Satuan Pengawasan Internal). Rektor memimpin dan mengelola IAKN, dibantu oleh tiga Wakil Rektor yang masing-masing membidangi akademik dan kelembagaan, administrasi umum, perencanaan dan keuangan, serta kemahasiswaan dan kerja sama. Fakultas menyelenggarakan pendidikan akademik dalam rumpun ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni. Pascasarjana menyelenggarakan program magister, doktor, dan/atau spesialis dalam rumpun ilmu agama. Biro Administrasi melaksanakan penyusunan rencana dan program, administrasi umum, keuangan, organisasi, kepegawaian, hukum, administrasi akademik, kemahasiswaan, pemberdayaan alumni, dan kerja sama. Lembaga melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Institut, meliputi Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat serta Lembaga Penjaminan Mutu. Unit Pelaksana Teknis (UPT) memberikan dukungan dalam penyelenggaraan pendidikan, terdiri dari Perpustakaan, Teknologi Informasi dan Pangkalan Data, dan Bahasa. Senat memberikan pertimbangan kebijakan akademik, sedangkan Dewan Penyantun memberikan saran dan pertimbangan nonakademik. Satuan Pengawasan Internal melakukan pengawasan bidang nonakademik.