1. Perjanjian antara Pemerintah dengan negara asing atau pihak lain, yang antara lain berkenaan dengan perjanjian bagi hasil minyak dan gas bumi yang berlokasi di Aceh, dinyatakan tetap berlaku sampai berakhirnya masa perjanjian.
2. Kantor Wilayah Badan Pertanahan Nasional Aceh dan Kantor Pertanahan kabupaten/kota menjadi perangkat Daerah Aceh dan perangkat daerah kabupaten/kota paling lambat awal tahun anggaran 2008.
3. Penyerahan kewenangan pengelolaan pelabuhan dan bandar udara umum dari Pemerintah kepada pemerintah kabupaten/kota dilaksanakan paling lambat awal tahun anggaran 2008.
4. Pengaturan tentang Panitia Pengawas Pemilihan dilaksanakan paling lambat 3 (tiga) bulan setelah Undang-Undang ini diundangkan.
5. Ketentuan yang mengatur calon perseorangan dalam Pemilihan Gubernur/Wakil Gubernur, bupati/wakil bupati, atau walikota/wakil walikota berlaku dan hanya dilaksanakan untuk pemilihan pertama kali sejak Undang-Undang ini diundangkan.
6. Peraturan Pemerintah mengenai partai politik lokal diterbitkan paling lambat Februari 2007.
7. Pengelolaan tambahan dana bagi hasil minyak dan gas bumi mulai berlaku sejak tahun anggaran 2008.
8. Dana otonomi khusus untuk tahun pertama mulai berlaku sejak tahun anggaran 2008.
9. Pengadilan Hak Asasi Manusia di Aceh dibentuk paling lambat 1 (satu) tahun sejak Undang-Undang ini diundangkan.
10. Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi di Aceh berlaku efektif paling lambat 1 (satu) tahun sejak Undang-Undang ini diundangkan.
11. Penyelenggaraan pemilihan bupati/wakil bupati dan walikota/wakil walikota yang masa jabatannya telah berakhir pada saat Undang-Undang ini diundangkan, dilaksanakan bersamaan waktunya dengan pemilihan Gubernur/Wakil Gubernur.
12. Dalam hal terdapat izin pengusahaan hutan dalam kawasan ekosistem Leuser di wilayah Provinsi Aceh yang telah dikeluarkan, dinyatakan tetap berlaku, ditinjau kembali, dan/atau disesuaikan dengan Undang-Undang ini paling lambat 6 (enam) bulan sejak Undang-Undang ini diundangkan.
13. Penyerahan prasarana, pendanaan, personil, dan dokumen yang berkaitan dengan pendidikan madrasah ibtidaiyah dan madrasah tsanawiyah dari Pemerintah kepada pemerintah kabupaten/kota di Aceh dilakukan paling lambat pada permulaan tahun anggaran 2008.
14. Penyerahan prasarana, pendanaan, personil, dan dokumen yang berkaitan dengan pelabuhan dan bandar udara umum dari Pemerintah kepada pemerintah kabupaten/kota di Aceh dilakukan paling lambat pada permulaan tahun anggaran 2008.
15. KIP yang ada pada saat Undang-Undang ini diundangkan tetap menjalankan tugasnya sampai dengan masa baktinya berakhir.
16. Untuk pertama kali pembentukan Panitia Pengawas Pemilihan Aceh dilakukan oleh DPRA.
17. Kelurahan di Provinsi Aceh dihapus secara bertahap menjadi gampong atau nama lain dalam kabupaten/kota.