Peraturan Daerah Kabupaten Klaten Nomor 12 Tahun 2008 ini dibentuk untuk menata kembali kelembagaan perangkat daerah agar dapat menyelenggarakan urusan pemerintahan yang dilaksanakan oleh pemerintah daerah, seiring dengan diberlakukannya Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah. Pembentukan Dinas Kesehatan Kabupaten Klaten bertujuan untuk melaksanakan urusan pemerintahan daerah di bidang kesehatan. Susunan organisasi Dinas Kesehatan terdiri dari Kepala Dinas, Sekretariat (dengan Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan, Keuangan, Umum dan Kepegawaian), Bidang Pelayanan Kesehatan (dengan Seksi Rumah Sakit dan Puskesmas, Registrasi dan Akreditasi, Kefarmasian, Penyehatan Makanan dan Minuman), Bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (dengan Seksi Pencegahan dan Pengamatan Penyakit, Pengendalian Penyakit Bersumber Binatang, Pengendalian Penyakit Menular Langsung dan Penyakit Tidak Menular), Bidang Kesehatan Masyarakat (dengan Seksi Kesehatan Keluarga, Gizi, Kesehatan Lingkungan), UPTD, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Kelompok Jabatan Fungsional bertugas melaksanakan sebagian tugas sesuai bidang keahliannya. Setiap pimpinan unit organisasi wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi. Kepala Dinas adalah Eselon Ilb, Sekretaris adalah Eselon Illa, Kepala Bidang adalah Eselon IIIb, dan Kepala Sub Bagian, Kepala Seksi, dan Kepala UPTD adalah Eselon IVa.