Keputusan Presiden ini menetapkan susunan organisasi Universitas Nusacendana sebagai bagian dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, dipimpin oleh Rektor yang bertanggung jawab kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Pembinaan dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Universitas ini bertugas menyelenggarakan pendidikan, pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan kebudayaan kebangsaan Indonesia. Struktur organisasi meliputi Rektor, Pembantu Rektor, beberapa biro administrasi, berbagai fakultas, pusat penelitian, pusat pengabdian masyarakat, dan perpustakaan. Perincian tugas dan fungsi organisasi ditetapkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan persetujuan Menteri terkait.