Peraturan Daerah ini membentuk Sekretariat Daerah Kota Pontianak sebagai unsur pembantu Kepala Daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah dan bertanggung jawab kepada Kepala Daerah. Sekretariat Daerah bertugas membantu Kepala Daerah dalam melaksanakan penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan, administrasi, organisasi dan tatalaksana, serta memberikan pelayanan teknis administrasi kepada seluruh Perangkat Daerah. Fungsi Sekretariat Daerah meliputi pengkoordinasian perumusan kebijakan Pemerintah Daerah, penyelenggaraan administrasi pemerintahan, pembangunan dan kemasyarakatan, pengelolaan sumber daya aparatur, keuangan, prasarana dan sarana Pemerintah Daerah, serta pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Daerah. Susunan organisasi Sekretariat Daerah terdiri dari Sekretaris Daerah, Asisten Sekretaris Daerah, Bagian, dan Sub Bagian. Sekretaris Daerah diangkat dari Pegawai Negeri Sipil yang memenuhi persyaratan dan bertugas membantu Kepala Daerah dalam menyusun kebijakan dan mengkoordinasikan Dinas Daerah dan Lembaga Teknis daerah.