Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 4 Tahun 2016 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah Tahun 2016-2021 (RPJMD) menetapkan rencana pembangunan daerah untuk periode 5 tahun, dari 2016 hingga 2021. RPJMD ini merupakan penjabaran visi, misi, dan program Bupati dan Wakil Bupati terpilih pada tahun 2015, serta berfungsi sebagai pedoman bagi Perangkat Daerah dalam menyusun Renstra Perangkat Daerah dan RKPD. RPJMD memuat tujuan, sasaran, strategi, arah kebijakan pembangunan daerah, serta program Perangkat Daerah dan lintas Perangkat Daerah dengan kerangka pendanaan indikatif. Sistematika RPJMD mencakup gambaran umum daerah, pengelolaan keuangan, analisis isu strategis, visi misi, strategi kebijakan, program pembangunan, indikasi rencana program prioritas, indikator kinerja daerah, dan pedoman transisi. Perangkat Daerah melaksanakan program dalam RPJMD yang dijabarkan dalam Renstra Perangkat Daerah, dikoordinasikan oleh Perangkat Daerah yang bertugas di bidang perencanaan pembangunan. Bupati melakukan pengendalian dan evaluasi terhadap pelaksanaan RPJMD, yang perubahannya hanya dapat dilakukan jika ada ketidaksesuaian dalam perumusan, substansi, perubahan mendasar seperti bencana alam atau krisis ekonomi, atau merugikan kepentingan nasional. Perubahan RPJMD ditetapkan dengan Peraturan Daerah atau Peraturan Bupati, sesuai dengan jenis perubahannya.