Peraturan Daerah ini membentuk Badan Pengelola Perbatasan Daerah (BPPD) Kabupaten Alor. BPPD merupakan unsur pendukung tugas Bupati yang dipimpin oleh seorang Kepala BPPD dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. BPPD memiliki wewenang dalam pengelolaan wilayah negara dan kawasan perbatasan, termasuk melaksanakan kebijakan pemerintah, menjaga tanda batas, melakukan koordinasi pembangunan, melakukan pembangunan kawasan perbatasan, mengelola perbatasan antar pemerintah daerah, dan melakukan penegasan serta fasilitasi perselisihan batas daerah. Tugas pokok BPPD meliputi menetapkan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengkoordinasikan pelaksanaan, serta melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan batas wilayah negara dan kawasan perbatasan. Fungsi BPPD mencakup penyusunan rencana aksi pembangunan kawasan perbatasan, penyusunan program dan anggaran, pengoordinasian pelaksanaan pembangunan, penjagaan dan pemeliharaan tanda batas, pelaksanaan bantuan fasilitasi penegasan batas wilayah negara, pelaksanaan bantuan inventarisasi potensi sumber daya, pelaksanaan pengendalian dan pengawasan, serta pelaksanaan pengelolaan perbatasan antar pemerintah daerah.