Peraturan Menteri Agama ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 90 Tahun 2013 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Madrasah. Perubahan tersebut meliputi:
- Nama Madrasah: Penjelasan mengenai penulisan nama madrasah yang diselenggarakan oleh masyarakat, termasuk format penulisan nama satuan pendidikan, nama penyelenggara, serta nama desa/kelurahan, kecamatan, dan kabupaten/kota.
- Persyaratan Peserta Didik MTs dan MA/MAK: Perubahan persyaratan usia dan ijazah yang diperlukan untuk menjadi peserta didik kelas 7 MTs dan kelas 10 MA/MAK. MTs wajib menerima warga negara berusia 13-15 tahun sesuai daya tampung dan menyediakan akses bagi peserta didik berkebutuhan khusus. MA/MAK juga wajib menyediakan akses bagi peserta didik berkebutuhan khusus.
- Penerimaan Peserta Didik MA/MAK: Penerimaan peserta didik baru pada MA/MAK harus dilakukan secara adil, objektif, transparan, dan akuntabel. MA/MAK dapat menerima peserta didik pindahan.
- Kualifikasi Guru Madrasah: Guru madrasah harus memiliki kualifikasi umum, akademik, dan kompetensi sesuai peraturan perundang-undangan. Guru mata pelajaran agama Islam wajib beragama Islam.
- Kelompok Kerja Guru (KKG) dan Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP): Pembentukan forum KKG untuk guru RA/MI dan MGMP untuk guru MTs/MA/MAK pada berbagai tingkatan. Ketentuan lebih lanjut mengenai KKG dan MGMP ditetapkan oleh Direktur Jenderal.
- Akreditasi Madrasah: Akreditasi RA dilakukan oleh Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Non Formal, sedangkan akreditasi MI, MTs, MA, dan MAK dilakukan oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah. Pemerintah dan penyelenggara pendidikan madrasah wajib mempersiapkan akreditasi dan menindaklanjuti hasilnya.
- Madrasah Aliyah Unggulan: Kementerian menyelenggarakan paling sedikit satu Madrasah Aliyah Negeri Unggulan di setiap provinsi. Madrasah Aliyah unggulan dapat berupa Madrasah Akademik, Madrasah Keterampilan, dan Madrasah Keagamaan.
- Pendidikan Khusus pada Madrasah: Penyelenggaraan pendidikan khusus bagi peserta didik berkelainan pada jenjang RA, MI, MTs, MA, dan MAK. Kementerian menyelenggarakan paling sedikit satu satuan pendidikan khusus setiap provinsi.
- Kerja Sama Lembaga Pendidikan Asing dengan Madrasah: Lembaga pendidikan asing yang terakreditasi dapat menyelenggarakan pendidikan madrasah di Indonesia melalui kerja sama dengan lembaga pendidikan di Indonesia.
Pasal yang dihapus adalah Pasal 26 dan ayat (6) Pasal 30.