Peraturan Daerah Kota Jayapura ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Lembaga Teknis Daerah, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), dan Inspektorat Kota Jayapura. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk menyesuaikan dengan amanat Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 dan Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 serta Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 57 Tahun 2007 mengenai pembentukan organisasi dan tata kerja lembaga-lembaga tersebut. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk menata kembali organisasi dan tata kerja badan-badan daerah agar sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan Unit Teknis Daerah, BAPPEDA, dan Inspektorat sebagai Lembaga Teknis Daerah. Lembaga Teknis Daerah bertugas membantu Walikota dalam penyelenggaraan pemerintahan daerah sesuai dengan lingkup tugasnya. Fungsi Lembaga Teknis Daerah meliputi perumusan kebijakan teknis dan pelayanan penunjang penyelenggaraan pemerintahan daerah. Organisasi Lembaga Teknis Daerah terdiri dari berbagai badan dan kantor, termasuk Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah, Badan Kepegawaian Daerah, Badan Lingkungan Hidup, dan lain-lain. Setiap badan dan kantor memiliki tugas dan fungsi spesifik yang diatur dalam peraturan ini. Peraturan ini juga mengatur susunan organisasi masing-masing badan dan kantor, termasuk kepala badan/kantor, sekretaris, bidang-bidang, sub-bidang, dan kelompok jabatan fungsional.