Peraturan Menteri Pertanian ini mengatur tindakan karantina terhadap pemasukan dan pengeluaran media pembawa hama dan penyakit hewan karantina (HPHK) dan organisme pengganggu tumbuhan karantina (OPTK) dalam rangka perdagangan perbatasan. Latar belakangnya adalah untuk mendukung efektivitas pengelolaan lintas batas negara di wilayah perbatasan. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk mengatur pelaksanaan tindakan karantina hewan dan tumbuhan pada pos pemeriksaan lintas batas (PPLB). Ketentuan substansial mencakup bahwa pemasukan atau pengeluaran dalam rangka perdagangan perbatasan harus didasarkan pada perjanjian bilateral yang memuat standar sanitari dan fitosanitari kedua negara, termasuk jenis dan jumlah media pembawa HPHK/OPTK serta persyaratan dan tindakan karantina. Setiap pelintas batas yang melakukan pemasukan atau pengeluaran wajib melalui PPLB, melaporkan dan menyerahkan kepada petugas untuk dilakukan tindakan karantina, serta memiliki Identitas Pelintas Batas dan pas lintas batas. Tindakan karantina meliputi pemeriksaan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan, dan/atau pembebasan. Media pembawa yang tidak sesuai dengan perjanjian bilateral akan ditolak. Biaya yang timbul akibat tindakan karantina menjadi beban dan tanggung jawab pelintas batas.