Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 5 Tahun 2016 mencabut empat Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur karena beberapa alasan utama. Pertama, terjadi peralihan kewenangan Pemerintahan Daerah Provinsi kepada Pemerintah Pusat dan/atau Pemerintahan Daerah Kabupaten/Kota berdasarkan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah. Kedua, terdapat perubahan peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi yang menyebabkan beberapa peraturan daerah tersebut kehilangan validitas yuridis.
Peraturan Daerah yang dicabut meliputi:
1. Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 11 Tahun 2003 dan Nomor 1 Tahun 2008, terkait pengujian tipe dan uji berkala kendaraan bermotor, yang kewenangannya telah beralih ke Pemerintah Pusat dan Pemerintah Kabupaten/Kota.
2. Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 4 Tahun 2008 tentang Sistem Jaminan Kesehatan Daerah, karena penyelenggaraan jaminan kesehatan secara nasional telah dilaksanakan oleh BPJS berdasarkan Undang-Undang Nomor 24 Tahun 2011.
3. Peraturan Daerah Provinsi Jawa Timur Nomor 7 Tahun 2008 tentang Urusan Pemerintahan Provinsi Jawa Timur, karena adanya perubahan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Pemerintahan Daerah Provinsi berdasarkan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014.