Peraturan Menteri Agama ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Perubahan tersebut meliputi perubahan pada Pasal 24, Pasal 25, penyisipan Pasal 25A sampai dengan Pasal 25F, perubahan pada Pasal 91, Pasal 93, penghapusan Pasal 94, perubahan pada Pasal 95, Pasal 96, Pasal 97, dan Pasal 100. Secara substansial, perubahan ini terkait dengan penataan organisasi dan tata kerja Pascasarjana, Organ Pertimbangan Universitas (terutama Senat dan Satuan Pengawasan Internal), serta penegasan jabatan non-eselon di lingkungan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Latar belakang perubahan ini adalah untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi, sebagaimana disetujui oleh Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi.