Peraturan Daerah Kota Jayapura Nomor 16 Tahun 2008 tentang Pemerintahan Kampung bertujuan untuk menata kembali penyelenggaraan pemerintahan kampung sesuai dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah, Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua, dan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2005 tentang Desa. Penataan ini dimaksudkan untuk mengatur kepentingan masyarakat berdasarkan aspirasi, asal usul, dan adat istiadat setempat.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup bentuk dan susunan pemerintahan kampung yang terdiri dari Pemerintah Kampung dan Badan Musyawarah Kampung (BAMUSKAM). Pemerintah Kampung dipimpin oleh Kepala Pemerintah Kampung yang bertanggung jawab kepada rakyat melalui BAMUSKAM dan kepada Kepala Distrik serta Walikota. Tugas Pemerintah Kampung meliputi kegiatan administrasi pemerintahan, pembangunan, dan pembinaan kemasyarakatan. Fungsi Pemerintah Kampung mencakup pembinaan penyelenggaraan pemerintahan, peningkatan kesejahteraan masyarakat, pemeliharaan ketentraman dan ketertiban, penyelesaian perselisihan, penetapan peraturan kampung bersama BAMUSKAM, dan pelaksanaan pembinaan masyarakat.
Peraturan ini juga mengatur susunan organisasi Pemerintah Kampung yang terdiri dari Kepala Pemerintahan Kampung dan Perangkat Pemerintahan Kampung. Perangkat Pemerintahan Kampung terdiri dari Unsur Pelayanan Pimpinan (Sekretariat Pemerintah Kampung), Unsur Pelaksana Teknis (seksi-seksi), dan Unsur Wilayah dalam Kampung (Dusun). Tugas dan fungsi masing-masing unsur organisasi diatur secara rinci, termasuk tugas Kepala Pemerintah Kampung, Sekretaris Pemerintah Kampung, Kepala Urusan, Kepala Seksi, dan Kepala Dusun. Tata kerja Pemerintah Kampung menekankan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi.