Peraturan Daerah ini membentuk dan mengatur susunan Perangkat Daerah Kota Pekalongan. Perangkat Daerah terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe B), Sekretariat DPRD (Tipe C), Inspektorat Daerah (Tipe C), Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Dinas Daerah meliputi berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum dan penataan ruang, perumahan rakyat dan kawasan permukiman, sosial, perindustrian dan tenaga kerja, pemberdayaan masyarakat, pertanian dan pangan, lingkungan hidup, kependudukan dan pencatatan sipil, perhubungan, komunikasi dan informatika, perdagangan, penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu, pariwisata, kearsipan dan perpustakaan, serta kelautan dan perikanan. Badan Daerah terdiri dari Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah (Tipe B), Badan Keuangan Daerah (Tipe A), dan Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan Daerah (Tipe B). Kecamatan juga ditetapkan sebagai perangkat daerah. Unit Pelaksana Teknis (UPT) dapat dibentuk pada Dinas Daerah dan Badan Daerah. Walikota dapat dibantu oleh staf ahli. Pejabat ASN pada Perangkat Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Walikota sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.