Instruksi Presiden Nomor 3 Tahun 1988 dikeluarkan untuk memastikan pelaksanaan Sensus Penduduk Tahun 1990 dapat berjalan dengan aman, tertib, dan tepat waktu. Instruksi ini mengarahkan beberapa pejabat tinggi negara untuk berperan aktif dalam pelaksanaan sensus. Menteri Negara Kependudukan dan Lingkungan Hidup bertanggung jawab memberikan pengarahan terkait penyelenggaraan dan materi sensus, serta berkonsultasi dengan Ketua Badan Perencanaan Pembangunan Nasional. Menteri Dalam Negeri diinstruksikan untuk memerintahkan para Gubernur Kepala Daerah Tingkat I agar membantu dan mengamankan pelaksanaan sensus. Kepala Biro Pusat Statistik bertugas menyelenggarakan sensus, mengatur tata cara pelaksanaan, serta mengeluarkan pedoman dan instruksi yang diperlukan agar sensus berjalan sesuai rencana. Instruksi ini berlaku sejak tanggal dikeluarkan.