Peraturan Daerah ini membentuk Dinas Daerah di Kabupaten Kotabaru untuk melaksanakan urusan pemerintahan berdasarkan asas otonomi dan tugas pembantuan. Dinas Daerah yang dibentuk meliputi:
- Dinas Pendidikan
- Dinas Kesehatan
- Dinas Bina Marga dan Sumber Daya Air
- Dinas Cipta Karya, Permukiman dan Perumahan
- Dinas Perhubungan
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
- Dinas Sosial, Tenaga Kerja dan Transmigrasi
- Dinas Pemuda, Olah Raga, Kebudayaan dan Pariwisata
- Dinas Koperasi, Usaha Kecil Menengah, Perindustrian dan Perdagangan
- Dinas Pertambangan dan Energi
- Dinas Pertanian
- Dinas Perkebunan
- Dinas Peternakan
- Dinas Kehutanan
- Dinas Kelautanan dan Perikanan
- Dinas Pendapatan Daerah
Setiap Dinas Daerah dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Peraturan ini mengatur tugas pokok, fungsi, dan susunan organisasi dari masing-masing Dinas Daerah, termasuk sekretariat, bidang-bidang, seksi-seksi, Unit Pelaksana Teknis (UPT), dan Kelompok Jabatan Fungsional. Bagan struktur organisasi masing-masing Dinas Daerah tercantum dalam lampiran yang merupakan bagian tidak terpisahkan dari Peraturan Daerah ini. Setiap pimpinan satuan/unit organisasi wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi. Segala biaya yang diperlukan untuk pelaksanaan kegiatan Dinas Daerah dibebankan kepada Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah.