Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 9 Tahun 2004 mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 16 Tahun 2000 tentang Tatacara Pengisian dan Pemberhentian Perangkat Desa. Perubahan tersebut meliputi persyaratan pendidikan minimal bagi perangkat desa, ketentuan tempat tinggal bagi perangkat desa dari unsur wilayah (Kepala Dusun), ketentuan rapat pemilihan bagi perangkat desa dari unsur wilayah, dan masa akhir jabatan bagi perangkat desa yang diangkat berdasarkan Undang-undang Nomor 5 Tahun 1979. Secara spesifik, perubahan mencakup Pasal 5 ayat (1) huruf d, Pasal 5 ayat (4), penghapusan Pasal 5 ayat (5), perubahan Pasal 27 ayat (3), Pasal 28, penambahan Pasal 28 A, perubahan Pasal 29 ayat (2), Pasal 30 ayat (3), Pasal 54, dan Pasal 55. Tujuan dari perubahan ini adalah untuk menyesuaikan dengan Peraturan Pemerintah Nomor 76 Tahun 2001 tentang Pedoman Umum Pengaturan Mengenai Desa serta untuk meningkatkan kualitas penyelenggaraan pemerintahan desa.