Keputusan Presiden Nomor 21 Tahun 1999 ini dibentuk sebagai tindak lanjut dari Ketetapan MPR Nomor X/MPR/1998, dengan tujuan untuk mengkaji kembali pemisahan fungsi eksekutif, legislatif, dan yudikatif di Indonesia. Untuk itu, dibentuklah Tim Kerja Terpadu yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden. Tim ini bertugas mengidentifikasi fungsi-fungsi tersebut berdasarkan Hukum Tata Negara dan Hukum Administrasi Negara, serta melakukan studi banding dan konsultasi dengan badan pemerintah terkait. Tim juga bertugas melaporkan hasil kajiannya kepada Presiden. Struktur organisasi Tim Kerja Terpadu terdiri dari Ketua Umum, beberapa Ketua, Sekretaris, dan Anggota, dengan dukungan Sekretariat dari unit kerja di lingkungan Menteri Negara Koordinator Bidang Pengawasan Pembangunan dan Pendayagunaan Aparatur Negara. Masa tugas Tim ini berakhir pada 31 Mei 1999, dan segala biaya pelaksanaan tugas dibebankan pada anggaran Menteri Negara Koordinator.