Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 99 Tahun 2018 ini bertujuan untuk melaksanakan ketentuan Pasal 115 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Kebijakan ini mengatur pembinaan dan pengendalian penataan perangkat daerah agar tepat fungsi, tepat ukuran, dan sinergis. Pembinaan dilakukan oleh Menteri untuk provinsi dan oleh gubernur untuk kabupaten/kota, dengan monitoring dari Menteri. Pembinaan meliputi struktur organisasi, budaya organisasi, dan inovasi organisasi. Pengendalian dilakukan melalui pemantauan, pendampingan, dan evaluasi. Sistem informasi daring dikembangkan untuk mendukung komunikasi antara daerah dan kementerian terkait.