Peraturan ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi di Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Samarinda. Dalam rangka mencapai tujuan tersebut, peraturan ini menetapkan struktur organisasi dan tata kerja yang baru. Sekolah Tinggi ini berada di bawah Kementerian Agama dan bertanggung jawab kepada Menteri Agama. Tugas utama Sekolah Tinggi adalah melaksanakan pendidikan tinggi yang mencakup program akademik, vokasi, dan/atau profesi, serta penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam. Organisasi Sekolah Tinggi terdiri dari organ pengelola dan organ pertimbangan, dengan organ pengelola meliputi Ketua dan Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan, Pusat, serta Unit Pelaksana Teknis. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik untuk mendukung pelaksanaan pendidikan dan pengelolaan institusi.