Peraturan Daerah ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Kabupaten Jepara Nomor 2 Tahun 2004 tentang Retribusi Pelayanan Jasa Kepelabuhanan. Perubahan tersebut meliputi penghapusan ketentuan Pasal 1 angka 7, perubahan ketentuan Pasal 7 yang menyatakan bahwa Retribusi Pelayanan Jasa Kepelabuhanan termasuk golongan Retribusi Jasa Usaha, dan perubahan ketentuan Pasal 1 angka 10 yang mendefinisikan Retribusi Daerah sebagai pungutan atas jasa pelayanan kepelabuhanan di pelabuhan penyeberangan dan Pangkalan Pendaratan Ikan (PPI) yang disediakan oleh Pemerintah Daerah. Selain itu, Pasal 10 diubah sehingga struktur tarif Retribusi Daerah tercantum dalam Lampiran yang menjadi bagian tidak terpisahkan dari Peraturan Daerah ini. Lampiran tersebut mengatur struktur besarnya tarif retribusi pelayanan jasa kepelabuhanan, termasuk jasa pelayanan kapal (jasa labuh dan tambat), jasa pelayanan barang (jasa dermaga dan penumpukan), jasa pelayanan alat (sewa forklift, kren derek, dan motor boat), serta pelayanan jasa kepelabuhanan lainnya (sewa tanah dan penggunaan perairan, pelayanan terminal penumpang kapal laut, dan tanda masuk orang dan kendaraan).