Keputusan Presiden Nomor 91 Tahun 2000 ini bertujuan untuk memperkuat tatanan kehidupan berbangsa dan bernegara dengan memberikan amnesti dan abolisi kepada individu-individu tertentu. Amnesti diberikan kepada lima terpidana, yaitu Izak Yapsenang, John Mak Napo, Lodwik Hembring, Simion Ohe, dan Abdul Jalil, yang menghapuskan semua akibat hukum pidana terhadap mereka. Abolisi diberikan kepada empat tersangka, yaitu Jauhari Mys alias Azhari, Fauji Ibrahim alias Monier, Kleemens Rom Sarvir, dan Leseren Dampari Karma, yang menghapuskan semua penuntutan terhadap mereka. Pelaksanaan keputusan ini dilakukan oleh Menteri Hukum dan Perundang-undangan serta Jaksa Agung.