Peraturan Daerah ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Jayapura. Perubahan tersebut meliputi pembentukan Dinas Tata Kota yang baru, perubahan tugas dan fungsi Dinas Pekerjaan Umum, Dinas Kebersihan dan Pemakaman, serta Dinas Pendapatan Daerah. Dinas Tata Kota memiliki tugas melaksanakan urusan pemerintahan di bidang tata kota, penataan pertamanan, dan sarana prasarana sumber daya listrik. Dinas Pekerjaan Umum bertugas melaksanakan urusan pemerintahan daerah di bidang pekerjaan umum meliputi Bina Marga, Cipta Karya, dan Pengairan. Dinas Kebersihan dan Pemakaman bertugas melaksanakan urusan pemerintahan daerah di bidang kebersihan, pengadaan dan pemeliharaan sarana prasarana dan pengelolaan pemakaman. Dinas Pendapatan Daerah memiliki fungsi penyusunan kebijakan pelaksanaan Pemungutan Bea Perolehan Hak Atas Tanah dan Bangunan (BPHTB) dan Pajak Bumi dan Bangunan Perdesaan dan Perkotaan (PBB-P2). Struktur organisasi masing-masing dinas juga mengalami perubahan sesuai dengan tugas dan fungsi yang baru.