Peraturan Menteri Agama Nomor 45 Tahun 2013 ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi di Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Palangkaraya. Peraturan ini menetapkan struktur organisasi dan tata kerja yang baru, yang meliputi pembentukan organ pengelola dan organ pertimbangan. Organ pengelola terdiri dari Ketua, Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan, Pusat, serta Unit Pelaksana Teknis. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik, seperti penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan penjaminan mutu. Peraturan ini juga mengatur pembagian tugas dan tanggung jawab di antara pejabat struktural dan fungsional di lingkungan Sekolah Tinggi.