Peraturan Daerah ini mengubah Peraturan Daerah Kabupaten Natuna Nomor 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah. Latar belakang perubahan ini adalah untuk mewujudkan tanggung jawab Pemerintah Daerah dalam Pengelolaan Perbatasan, sesuai dengan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 140 Tahun 2017, yang mengharuskan pembentukan Badan Pengelola Perbatasan Daerah. Selain itu, perubahan ini juga didasarkan pada Pasal 43 Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 yang mengamanatkan Rumah Sakit Daerah dan Pusat Kesehatan Masyarakat sebagai unit organisasi fungsional. Tujuan lainnya adalah untuk meningkatkan pendapatan asli daerah (PAD) melalui pembentukan Badan Pengelolaan Pajak dan Retribusi Daerah.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup penambahan dua badan daerah baru, yaitu Badan Pengelola Perbatasan Daerah Tipe A dan Badan Pengelolaan Pajak dan Retribusi Daerah Tipe C. Badan Pengelola Perbatasan Daerah bertugas menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi terhadap daerah perbatasan. Badan Pengelolaan Pajak dan Retribusi Daerah bertugas melaksanakan fungsi penunjang pengelolaan, pemungutan, pendapatan pajak daerah, dan retribusi daerah. Perubahan juga dilakukan pada Pasal 4 ayat (1) huruf e dengan menambahkan angka 4 dan 5 yang mengatur kedua badan tersebut.