Peraturan Daerah Kabupaten Purbalingga Nomor 14 Tahun 2008 mengatur tentang organisasi dan tata kerja Sekretariat Daerah (SETDA) dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Purbalingga. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk menyesuaikan dengan Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, serta untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan akuntabilitas pemerintahan daerah.
SETDA merupakan unsur staf Pemerintah Daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah (SEKDA) dan bertanggung jawab kepada Bupati. Tugas pokok SETDA adalah melaksanakan penyelenggaraan Pemerintah Daerah dalam penyusunan kebijakan dan pengkoordinasian Dinas Daerah, Lembaga Teknis Daerah, dan Lembaga Lain. Fungsi SETDA meliputi perumusan kebijakan, pengkoordinasian pelaksanaan tugas, pemantauan dan evaluasi kebijakan, perumusan produk hukum, pelayanan administratif, pengorganisasian, ketatalaksanaan, hubungan kemasyarakatan, keprotokoleran, pembinaan administrasi dan aparatur, serta urusan rumah tangga dan kepegawaian.
Sekretariat DPRD merupakan unsur pelayanan terhadap DPRD, dipimpin oleh Sekretaris DPRD yang bertanggung jawab kepada pimpinan DPRD secara teknis operasional dan kepada Bupati melalui SEKDA secara administratif. Tugas pokok Sekretariat DPRD adalah menyelenggarakan administrasi kesekretariatan dan keuangan DPRD, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRD, serta menyediakan dan mengkoordinasikan tenaga ahli yang diperlukan oleh DPRD. Fungsi Sekretariat DPRD meliputi penyelenggaraan administrasi kesekretariatan dan keuangan, penyelenggaraan rapat-rapat DPRD, penyediaan tenaga ahli, serta urusan rumah tangga dan kepegawaian.