Peraturan Daerah ini menetapkan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Kabupaten Nunukan Tahun Anggaran 2016. APBD terdiri dari pendapatan daerah sebesar Rp. 1.277.505.134.909,19, belanja daerah sebesar Rp. 1.527.505.134.909,19, sehingga terdapat defisit sebesar (Rp. 250.000.000.000,00). Pembiayaan daerah mencakup penerimaan sebesar Rp. 250.000.000.000,00 dan pengeluaran sebesar Rp. 0,00, menghasilkan pembiayaan netto sebesar Rp. 250.000.000.000,00.
Pendapatan daerah terdiri dari Pendapatan Asli Daerah (PAD), dana perimbangan, dan lain-lain pendapatan daerah yang sah. PAD mencakup pajak daerah, retribusi daerah, hasil pengelolaan kekayaan daerah yang dipisahkan, dan lain-lain PAD yang sah. Dana perimbangan terdiri dari dana bagi hasil pajak, dana alokasi umum (DAU), dana alokasi khusus (DAK), dan dana alokasi desa.
Belanja daerah terdiri dari belanja tidak langsung dan belanja langsung. Belanja tidak langsung mencakup belanja pegawai, belanja subsidi, belanja hibah, belanja bantuan sosial, belanja bantuan keuangan, dan belanja tidak terduga. Belanja langsung mencakup belanja pegawai, belanja barang dan jasa, serta belanja modal. Pembiayaan daerah berasal dari Sisa Lebih Perhitungan Anggaran Tahun Anggaran sebelumnya (SILPA).