Peraturan Daerah ini dibentuk untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Peraturan ini mengatur pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kabupaten Pekalongan. Perangkat Daerah terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat Daerah, Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Dinas Daerah terdiri dari berbagai dinas yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang seperti pendidikan, pekerjaan umum, kesehatan, sosial, dan lain-lain. Badan Daerah terdiri dari badan kepegawaian, badan perencanaan pembangunan, dan badan pengelolaan keuangan. Kecamatan juga ditetapkan sebagai Perangkat Daerah. Selain itu, pada Dinas Daerah dan Badan Daerah dapat dibentuk Unit Pelaksana Teknis (UPT), termasuk UPT di bidang pendidikan berupa satuan pendidikan daerah dan UPT di bidang kesehatan berupa Rumah Sakit Daerah dan Pusat Kesehatan Masyarakat. Bupati dapat dibantu oleh paling banyak 3 (tiga) staf ahli. Pejabat ASN pada Perangkat Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Bupati sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan. Pelaksanaan tugas pokok dan fungsi Perangkat Daerah dilaksanakan mulai tanggal 1 Januari 2017.