Peraturan Menteri Pariwisata Nomor 13 Tahun 2016 ini bertujuan untuk mengatur organisasi dan tata kerja Badan Pelaksana Otorita Danau Toba, yang merupakan satuan kerja di bawah Kementerian Pariwisata. Badan ini dipimpin oleh Direktur Utama dan bertugas melakukan koordinasi, sinkronisasi, dan fasilitasi perencanaan, pengembangan, pembangunan, dan pengendalian di Kawasan Pariwisata Danau Toba. Badan Pelaksana juga bertanggung jawab atas penyusunan rencana induk dan rencana detail pengembangan, serta penyelenggaraan pelayanan perizinan di kawasan tersebut. Struktur organisasi Badan Pelaksana terdiri dari beberapa direktur yang masing-masing memiliki tugas dan fungsi spesifik, termasuk Direktur Keuangan, Umum, dan Komunikasi Publik; Direktur Industri Pariwisata dan Kelembagaan Kepariwisataan; Direktur Destinasi Pariwisata; dan Direktur Pemasaran Pariwisata.