Keputusan Presiden ini bertujuan untuk menetapkan susunan organisasi Universitas Cendrawasih dalam rangka pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 5 Tahun 1980. Universitas Cendrawasih merupakan unit organik di bawah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, dipimpin oleh Rektor yang bertanggung jawab kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Pembinaan dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Tugas pokok universitas ini meliputi pendidikan, pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Struktur organisasi universitas terdiri dari Rektor, Pembantu Rektor, beberapa biro administrasi, fakultas, pusat penelitian, pusat pengabdian, dan perpustakaan. Perincian tugas dan fungsi organisasi ditetapkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan persetujuan tertulis dari Menteri terkait.