Peraturan Daerah Kota Jayapura Nomor 10 Tahun 2007 tentang Penyelenggaraan Kebersihan bertujuan untuk mewujudkan Kota Jayapura sebagai kota yang bersih, rapi, indah, aman, nyaman, dan manusiawi. Latar belakangnya adalah peningkatan jumlah penduduk dan aktivitas yang menghasilkan volume sampah yang meningkat, sementara penanganan kebersihan belum maksimal karena perangkat pendukung yang lemah dan rendahnya kesadaran masyarakat.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup kewajiban kelurahan untuk memiliki gerobak pengumpul sampah, menyiapkan lokasi TPS yang tidak mengganggu, dan memiliki unit pengelolaan sampah. Setiap orang dan badan usaha berkewajiban memelihara kebersihan bangunan dan halaman, saluran air, memotong rumput, dan mencegah genangan air. Kantor pemerintahan, swasta, lembaga pendidikan, gedung olahraga, tempat hiburan, dan terminal diharuskan menyiapkan tempat penampungan sampah. Pemilik kendaraan bermotor roda empat harus menyediakan keranjang sampah. Toko dan badan usaha yang memiliki sarana angkutan harus membuang sampah langsung ke TPA.
Peraturan ini juga mengatur larangan membuang sampah di perairan, taman, hutan lindung, membakar sampah yang menyebabkan kebakaran atau polusi, membiarkan hewan berkeliaran, membuang barang yang menimbulkan pemandangan tidak enak, membuang batang pohon ke kontainer sampah, dan membuang puntung rokok atau sampah di jalan umum. Waktu pembuangan sampah diatur mulai pukul 18.00 WIT sampai 05.00 WIT, dan petugas kebersihan wajib membersihkan sampah mulai pukul 04.00 WIT sampai 13.00 WIT. Pengelolaan dan pengawasan dilaksanakan oleh Walikota melalui Dinas Kebersihan dan Pemakaman.