Instruksi Presiden Nomor 3 Tahun 2009 bertujuan untuk meningkatkan fungsi infrastruktur Istana Kepresidenan, Kebun Raya, dan Benda Cagar Budaya Tertentu. Instruksi ini mengarahkan beberapa menteri dan kepala lembaga untuk berkoordinasi dalam penyelesaian rencana dan program pengembangan infrastruktur tersebut, yang mencakup pembangunan, rehabilitasi, renovasi, dan restorasi sejak Tahun 2002 hingga Tahun Anggaran 2009. Menteri Pekerjaan Umum bertanggung jawab atas hasil pengembangan yang dibiayai oleh anggarannya. Selain itu, Menteri Sekretaris Negara, Menteri Kebudayaan dan Pariwisata, serta Kepala Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia bertanggung jawab atas pemeliharaan infrastruktur yang telah dikembangkan. Instruksi ini juga mengatur serah terima dan alih status barang milik negara hasil pengembangan kepada instansi terkait sesuai dengan peraturan perundang-undangan.