Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 54 Tahun 2019 ini bertujuan untuk mengoptimalkan pelaksanaan tugas dan fungsi pelayanan kesehatan di Rumah Sakit Jiwa Dr. H. Marzoeki Mahdi Bogor, khususnya dalam bidang penyakit jiwa. Penataan organisasi dan tata kerja ini dilakukan untuk menyesuaikan dengan kebutuhan dan perkembangan rumah sakit serta untuk melaksanakan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 45 Tahun 2019. Rumah sakit ini berfungsi sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Direktorat Jenderal Kementerian Kesehatan, dengan tugas utama menyelenggarakan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna. Struktur organisasi rumah sakit terdiri dari beberapa direktorat yang masing-masing memiliki tugas dan fungsi spesifik, termasuk pengelolaan pelayanan medis, keuangan, sumber daya manusia, dan pendidikan. Selain itu, rumah sakit ini juga memiliki Dewan Pengawas dan Satuan Pemeriksaan Internal untuk memastikan kinerja dan pengawasan yang efektif.