Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 19 Tahun 2005 membentuk Badan Pengawasan Daerah (Bawasda) sebagai unsur penunjang Pemerintah Daerah di bidang pengawasan. Bawasda bertugas melaksanakan sebagian kewenangan daerah dalam pengawasan penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, pelayanan masyarakat, dan pengelolaan keuangan daerah. Tugas ini meliputi penyusunan rencana kerja tahunan, perumusan teknis pengawasan, pembinaan, evaluasi pelaksanaan tugas pokok dan fungsi, serta ketatausahaan Badan. Susunan organisasi Bawasda terdiri dari Kepala Badan, Bagian Tata Usaha (dengan Sub Bagian Umum dan Sub Bagian Keuangan, Perencanaan dan Evaluasi), Bidang Pengawasan Reguler, Bidang Pengawasan Khusus, Bidang Pengembangan Pengawasan, dan Kelompok Jabatan Fungsional (Auditor dan Non-Auditor). Kepala Badan bertanggung jawab kepada Walikota, sedangkan Kepala Bagian dan Kepala Bidang bertanggung jawab kepada Kepala Badan. Peraturan Walikota akan mengatur lebih lanjut mengenai jabatan fungsional dan penjabaran fungsi serta tugas masing-masing satuan organisasi.