1. Pada saat Peraturan Menteri ini mulai berlaku dalam jangka waktu paling lama 1 (satu) tahun Direktur Politeknik Ilmu Pelayaran Makassar harus mengusulkan rumusan jabatan fungsional, uraian jenis kegiatan organisasi, satuan hasil kerja, waktu capaian hasil kerja jabatan, peta jabatan, standar kompetensi jabatan, dan kelas jabatan berdasarkan analisis jabatan, analisis beban kerja, dan evaluasi jabatan kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan.
2. Perubahan atas Susunan organisasi dan tata kerja Politeknik Ilmu Pelayaran Makassar ditetapkan oleh menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang transportasi setelah mendapatkan persetujuan tertulis dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang aparatur negara.
3. Pada saat Peraturan Menteri ini berlaku, seluruh jabatan struktural dan fungsional yang ada beserta pejabat yang memangku jabatan di lingkungan Politeknik Ilmu Pelayaran Makassar berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 42 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Ilmu Pelayaran Makassar tetap melaksanakan tugas dan fungsinya sampai dengan dibentuknya jabatan baru dan diangkat pejabat baru berdasarkan Peraturan Menteri ini paling lama 1 (satu) tahun sejak Peraturan Menteri ini berlaku.