Peraturan Daerah Kota Pontianak Nomor 13 Tahun 2009 mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Nomor 11 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi Perangkat Daerah Kota Pontianak. Perubahan ini dilakukan untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dan efektivitas penyelenggaraan tugas pemerintahan, pembangunan, dan kemasyarakatan.
Perubahan meliputi:
1. *Pembentukan Organisasi Perangkat Daerah*: Perubahan pada Pasal 2 yang mengatur pembentukan perangkat daerah, termasuk Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Dinas Daerah, Lembaga Teknis Daerah, Lembaga Lain, Satuan Polisi Pamong Praja, Kecamatan, dan Kelurahan.
2. *Kedudukan, Tugas, dan Fungsi Organisasi Perangkat Daerah*: Perubahan pada Pasal 21 ayat (2) dan (3) yang mengatur tentang Lembaga Lain.
3. *Susunan Organisasi*: Perubahan pada berbagai pasal yang mengatur susunan organisasi Sekretariat Daerah (Pasal 31), Sekretariat DPRD (Pasal 36), Inspektorat (Pasal 40), Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Pasal 46), Dinas Daerah (Pasal 52), Lembaga Teknis Daerah (Pasal 59), Lembaga Lain (Pasal 68), Satuan Polisi Pamong Praja (Pasal 74 A), Kecamatan (Pasal 75), dan Kelurahan (Pasal 80).
4. *Staf Ahli*: Perubahan pada Pasal 84 yang mengatur tentang Staf Ahli.
5. *Eselon Perangkat Daerah*: Perubahan pada Pasal 86 yang mengatur tentang Eselon Perangkat Daerah.